Das Schifferkinderheim in Würzburg wurde in den 50iger Jahren errichtet, um Kindern aus Binnenschifferfamilien eine Unterkunft an Land und damit einen regelmäßigen Schulbesuch zu ermöglichen. Träger der Einrichtung war der eigens dafür gegründete Schifferkinderheim Würzburg e.V.. Mitglieder waren u.a. Schifffahrttreibende, Reedereien, Vertreter von Behören der Wasser- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes und an der Wasserstraße ansässige Kommunen. Der Heimbetrieb sollte i. W. durch Klosterschwestern erfolgen. Die Gestaltung der Räumlichkeiten wurde an den damaligen Erfordernissen und Standards eines Heimbetriebes ausgerichtet, d.h. Unterbringung der Kinder in Gruppenschlafsälen mit gemeinschaftlichen zu nutzenden Sanitärräumen, Einzelzimmer für die den Kindergruppen zugeordneten Erzieherinnen sowie ein eigener Wohntrakt für die Klosterschwestern. Im Untergeschoss wurde ein Wirtschaftsbereich mit Großküche, Waschküche, Heizungskeller und Lagerräumen eingerichtet.

Seither hat sich die in den 50iger Jahren zur Vereinsgründung und zum Bau des Schifferkinderheimes führende Situation wesentlich verändert. Bedingt durch den Rückzug des Ordens der Schwestern aus dem Heimbetrieb wurde es erforderlich, eine professionelle Heimleitung mit angestellten Beschäftigten einzusetzen. Des Weiteren führte der bereits in den 70iger Jahren in der Binnenschifffahrt einsetzende Strukturwandel nach und nach auch zu einer wesentlichen Reduzierung des Bedarfs an Heimplätzen für Schifferkinder. Um wirtschaftlich überleben und damit selbst wenigen Schifferkindern weiterhin ein Heim bieten zu können, musste der Betrieb des Schifferkinderheimes in Würzburg schrittweise zusätzlich auf andere Zielgruppen umgestellt werden. Aufgenommen wurden nunmehr auch Schüler und Auszubildende der Stadt Würzburg, der Handwerkskammer für Unterfranken und der Bauinnung Mainfranken Würzburg, sowie Kinder und Jugendliche, die nach §34 SGB VIII der sozialpädagogischen und nach §35a SGB der heilpädagogischen Betreuung bedürfen.

In Folge der genannten Veränderungen übertrug der Heimträger “Schifferkinderheim Würzburg e.V.” zum Jahreswechsel 2012/2013 sein gesamtes Vermögen auf die von ihm Jahr 2011 gegründete “Stiftung Schifferkinderheim”, die das Heim seither betreibt.

Das letzte Schifferkind hat im Jahr 2014 das Schifferkinderheim verlassen. Eine Nachfrage seitens der Schifffahrt bestand seitdem nicht mehr. Die Unterbringung von Schifferkindern ist jedoch weiterhin eine satzungsgemäße Aufgabe der Stiftung.